تکنولوژی توالی یابی RNA (RNA-seq) به عنوان یک روش قدرتمند و انقلابی جهت تعیین کمی سطوح بیان ژن و بررسی جزییات ترانسکریپتوم با وضوح و حساسیت بالا ظهور پیدا کرد. یکی از ویژگی‌های مهم این تکنولوژی توانایی تشخیص ترانسکریپت‌های جدید است. این تکنولوژی از توانایی‌های توالی یابی نسل جدید (next-generation sequencing) برای بدست آوردن تصویری کلی از حضور و مقدار RNA از ژنوم در یک بازه ی زمانی خاص استفاده می‌کند. از آنجایی که ژن‌های بیان شده در هر سلول یا بافت نسبت به بافت‌های دیگر و همچنین در یک شرایط محیطی نسبت به شرایط محیطی دیگر متفاوت است، لذا برای بررسی اینکه تحت یک تیمار مشخص چه نوع ژن‌ها یا ایزوفرم‌ها بیان می‌شوند، از RNA-Seq استفاده می‌شود‌. بررسی جایگاه‌های اسپلایسینگ ایزوفرم‌های مختلف و همچنین مقایسه بین گونه‌ای این جایگاه‌ها نیز هدف دیگر مطالعه RNA-Seq است‌. تفاوت توالی ژن‌های مختلف در بین گونه‌های مختلف نیز ممکن است با ‌توالی‌یابی ترنسکریپتوم مورد مطالعه قرار گیرد. واکاوی داده‌های RNA-Seq بسیار زمان بر بوده و به مهارت بالای پژوهشگر نیاز دارد.